1994年，南菁学校率先开设普高艺术特色班（音乐类、体育类、美术类），28年来，为高等艺术大学输送大批顶尖的艺术生，圆了学生的大学梦、艺术梦，真正做到了“艺术为学生的高考加分，为学生的人生加分”。

进入新时代，教育部提出“高中教育多元化、特色化”，为突破千校一面的纯文纯理科办学模式，学校探索出艺术+文化的普通高中办学模式。南菁人为促进人的全面发展，为圆学生的大学艺术梦和向高等艺术院校输送人才，走出一条崭新的艺体特色办学之路。

2015年，南菁学校创新采用校企合作方式开设“普高航空特色班”，至今培养了8届优秀毕业学生，为航空院校输送了优秀的飞行员、空中服务员，为学生的就业和祖国的航空事业发展做出了积极的贡献。

学校以“争创精品学校，办云南省最好的特色高中”为办学目标，形成了突出的“2+6”特色办学模式，已成为全国多所院校的优质生源基地、教学实践基地和教学研究实习与就业基地。